Charakter obliczeń zastosowanych w analizie zdyskontowanych przepływów pieniężnych lub DCF sprawia, że lepiej nadaje się do zastosowania w ocenie niektórych rodzajów branż lub firm. Analiza DCF ma na celu oszacowanie bieżącej wartości firmy, zwykle określanej jako „wartość bieżąca netto”, poprzez prognozowanie przyszłych wolnych przepływów pieniężnych lub zysków. Jest to wysoko ceniona metoda wyceny, ale ma pewne nieodłączne problemy, które sprawiają, że jej analiza ma większe zastosowanie w odniesieniu do niektórych branż lub firm niż do innych.
Ponieważ analiza DCF przewiduje przyszłe przepływy pieniężne, koniecznie wymaga oszacowania kosztów operacyjnych, przychodów i wzrostu, szacunków, które mogą być znacznie łatwiejsze lub trudniejsze do dokładnego przewidzenia ze względu na charakter działalności firmy. Krótko mówiąc, większe i bardziej ugruntowane firmy z dość stabilnymi historiami wzrostu, które mogą posłużyć jako podstawa prognoz przyszłego wzrostu, lepiej nadają się do oceny na podstawie analizy DCF. O wiele trudniej jest przewidzieć wzrost dla małych lub początkujących firm, firm lub branż o większej ekspozycji na cykle sezonowe lub gospodarcze. Innym czynnikiem, który należy wziąć pod uwagę, są przewidywane nakłady inwestycyjne. Firmy, które najprawdopodobniej mają dość spójne poziomy nakładów inwestycyjnych, łatwiej jest dokładnie analizować za pomocą DCF. Z tych wszystkich powodów najbardziej odpowiednie do analizy DCF są firmy z takich branż, jak zakłady użyteczności publicznej, przemysł naftowy i gazowy lub bankowość, branże, w których dochody, wydatki i wzrost wydają się być względnie stabilne i stabilne w czasie.
Podstawową słabością analizy DCF jest duża ilość czasu, jaki planuje ona wziąć pod uwagę, biorąc pod uwagę liczne zaangażowane zmienne. Podczas gdy koszty operacyjne i przychody mogą być dość proste do dokładnego przewidzenia na rok lub dwa z góry, poza tym dokonywanie dokładnych prognoz staje się coraz trudniejsze. Ponadto wszelkie drobne, wczesne błędy w prognozowaniu kosztów i przychodów stają się wykładniczo wzmacniane w prognozach na przyszłe lata. Inwestorzy powinni zachować szczególną ostrożność przy analizie DCF, która próbuje prognozować na okres dłuższy niż 10 lat.